Neste grupo estão documentos produzidos pelos aldeamentos indígenas criados após o banimento dos jesuítas. Com a expulsão dos jesuítas e a criação dos Diretórios dos Índios, por meio do alvará de 7 de junho de 1757, a população indígena passou a ser tutelada pela administração colonial. O Diretório dos Índios objetivava a completa integração dos índios à sociedade portuguesa, incentivando os casamentos mistos e a ocupação do território. Os governadores tinham ordens de supervisionar e manter os aldeamentos em perfeita ordem, fazendo-os produzir e servir ao rei. Cada aldeamento tinha um diretor branco, um pároco e um capitão-mor índio, a quem cabia a distribuição da mão de obra indígena e a fiscalização dos aldeados, para evitar fugas e dispersão. Os diretores dos aldeamentos controlavam o recrutamento dos índios para trabalhar no Serviço Real e nas propriedades dos brancos, em troca de pagamento. Entre os documentos dos aldeamentos temos regimentos, bandos, ofícios, requerimentos e cartas relatando abusos, fugas e queixas dos moradores dos aldeamentos, bem como listas de povoação, nascimentos, casamentos e mortes de índios.