A Secretaria de Governo foi criada para dar suporte aos capitães generais nomeados pelo rei para administrar a capitania de São Paulo. A capitania de São Paulo, desmembrada da capitania das Minas Gerais em 1720, abrangia os territórios dos atuais estados do Mato Grosso, Goiás, Paraná, Rio Grande do Sul e Santa Catarina (1). O primeiro capitão general da capitania foi o fidalgo Rodrigo César de Meneses, pertencente a uma família ilustre de governadores do Império português (2). Os capitães generais atuavam como comandantes militares e chefes da administração, presidindo as Juntas da Fazenda e da Justiça, e desfrutando de autonomia para nomear funcionários, conceder terras e outros privilégios.
Os capitães generais tinham junto a si um secretário encarregado de organizar os papéis que vinham do Reino, bem como os que para lá seguiam, fazendo a expedição, a tramitação e o registro de toda a documentação produzida ou recebida pelo governo da capitania. O secretário tinha ainda a incumbência de fornecer certidões, manter em boa ordem o arquivo e dar publicidade aos atos oficiais (3). Dessa forma, a organização da Secretaria de Governo da Capitania permaneceu unicelular e de pouca complexidade, uma vez que os regimentos determinando as obrigações e poderes do cargo de secretário eram dirigidos a uma pessoa.
Em 1748, a capitania de São Paulo foi extinta e sua administração, dividida entre o governador da Praça de Santos, o ouvidor, o provedor da Real Fazenda e outras autoridades locais (4). O governador da Praça de Santos ficou responsável pela defesa das comarcas de São Paulo e Paranaguá, recebendo ordens diretamente de Portugal e respondendo por uma série de encargos administrativos que antes cabiam ao capitão general. Em 1765, atendendo às necessidades locais e a estratégia do Império português para a América, a Coroa decidiu restabelecer a capitania e nomear um capitão general de reconhecida capacidade militar para organizar a defesa das fronteiras Sul e Sudeste, ameaçadas pelos espanhóis.
As instruções do novo governador e capitão general, Dom Luís Antônio de Souza Botelho Mourão, o Morgado de Mateus, incluíam a conquista do sertão, a defesa contra os espanhóis e a reunião dos índios dispersos. No seu discurso de posse na câmara de São Paulo, ele prometeu fomentar a economia, estimular o comércio, abrir estradas, criar fábricas, fortificar as praças militares e fazer observar as leis (5). Dom Luís Antônio de Souza Botelho Mourão e, a seguir, seus sucessores no governo, foram responsáveis por integrar a capitania ao comércio atlântico. A administração da capitania continuou nas mãos dos capitães generais até 1821, quando as Cortes de Portugal instalaram as Juntas Provisórias de Governo e as capitanias passaram a ser chamadas de províncias. Em 1823, com a consumação da separação de Portugal, Dom Pedro I suprimiu as Juntas, criando o cargo de presidente da província e reformando as Secretarias de Governo, que passaram a responder pelo governo e pela administração das províncias do Império do Brasil (6).

(1) Alvará de 2 de dezembro de 1720. In: ARQUIVO DO ESTADO DE S. PAULO. Publicação Oficial de Documentos Interessantes para a História e Costumes de S. Paulo, vol.XI. Divisas de S. Paulo e Minas Gerais. São Paulo: Espindola, Siqueira & Comp., 1896, p.6-7.
(2) SOUZA, Laura de Mello e. O Sol e a Sombra: Política e Administração na América Portuguesa do século XVIII. São Paulo: Companhia das Letras, 2006, p.303-313.
(3) Cópia do Regimento de 27 de julho de 1712, utilizado pela maioria dos secretários de governo das capitanias. In: BOSCHI,
Caio C. Exercícios de Pesquisa Histórica. Belo Horizonte: PUC Minas, 2011, p.98-100.
(4) Carta régia de 1 de outubro de 1748.
(5) BELLOTTO, Heloísa Liberalli. Autoridade e Conflito no Brasil Colonial: o governo do Morgado de Mateus em São Paulo (1765-1775). São Paulo: Alameda, 2007, p.59-73.
(6) Carta de Lei de 20 de outubro de 1823. Legislação Brasileira ou Coleção Cronológica de Leis, Decretos, Resoluções de Consulta, Provisões etc. do Império do Brasil, desde o ano de 1808 até 1831 inclusive. Coligidas pelo Conselheiro José Paulo de Figueiroa Nabuco Araújo. Tomo IV. Rio de Janeiro: J. Villeneuve e Comp., 1838, p.148-150.