Por um longo tempo as cadeias públicas e a Casa de Detenção de São Paulo ficaram subordinadas às Secretarias da Justiça e da Segurança Pública, levando em conta que elas tinham a função de guardar presos preventivamente ou provisoriamente, além daqueles condenados pela justiça a penas de privação de liberdade. Em 1956, os diversos estabelecimentos destinados ao cumprimento de penas privativas de liberdade foram reunidos e colocados sob supervisão do Departamento dos Institutos Penais do Estado (DIPE), órgão pertencente à Secretaria da Justiça; enquanto as cadeias públicas do interior e a Casa de Detenção da capital continuaram administrados pela Secretaria de Segurança Pública (1). Em 1979, o DIPE foi transformado em Coordenadoria dos Estabelecimentos Penitenciários do Estado (COESP), concentrando todos os estabelecimentos prisionais na Secretaria da Justiça (2).
Em 1993 foi criada, por fim, a Secretaria da Administração Penitenciária, destinada a promover a execução penal no âmbito administrativo, fiscalizar os estabelecimentos penais, emitir pareceres sobre livramento condicional e proporcionar condições para a reinserção social dos condenados e infratores internados (3). Na sua estrutura foram incorporados o COESP, o Conselho Penitenciário, o Conselho Estadual de Política Criminal e Penitenciária e a Corregedoria Administrativa do Sistema Penitenciário, além da Fundação Estadual de Amparo ao Trabalhador Preso “Dr. Manoel Pedro Pimentel” – Funap, responsável por contribuir para a recuperação do preso, oferecendo auxílio, formação profissional e assistência médica e material ao preso e seus familiares (4).

(1) Decreto nº 25.652, de 22 de março de 1956.
(2) Decreto nº 13.412, de 13 de março de 1979.
(3) Lei nº 8.209, de 4 de janeiro de 1993.
(4) Lei nº 8.643, de 25 de março de 1994.