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A origem da Secretaria da Agricultura remonta à 1892, quando o governo do Estado de São Paulo organizou quatro secretarias para cuidar dos negócios da Fazenda, Justiça, Interior e Agricultura (1). A princípio, o campo de atuação da Secretaria da Agricultura abrangia não apenas a produção agrícola e pecuária, mas também o comércio, a indústria, a imigração, a colonização e a política de terras do Estado, e, principalmente, os serviços de obras e saneamento. Nesse período, entre 1892 e 1897, predominaram as obras voltadas para a construção de edifícios públicos, pontes, estradas, cadeias, escolas, quartéis e hospitais, responsáveis por 68% do orçamento consignado à pasta (2). Essa grande Secretaria era chamada de Secretaria da Agricultura, Comércio e Obras Públicas, responsável também pela supervisão dos serviços de transporte e comunicação. Para cumprir com suas múltiplas atribuições a Secretaria da Agricultura incorporou alguns órgãos criados antes dela, como a Superintendência de Obras Públicas, instituída em 1889 para fiscalizar as obras de infraestrutura do Estado e as companhias concessionárias de serviços públicos; a Hospedaria de Imigrantes, antes integrada à Inspetoria de Terras e Colonização; a Estação Agronômica de Campinas; e a Comissão Geográfica e Geológica do Estado. Foi através dessa grande Secretaria, em conjunto com a Secretaria da Fazenda, que o governo estadual implementou sua política econômica nas primeiras décadas da República (3).
Em 1907, a Secretaria da Agricultura passou por uma restruturação, chamada de Reforma Carlos Botelho. As atribuições da Secretaria continuaram as mesmas, porém alterou-se sua estrutura organizacional. Foram criadas cinco diretorias para cuidar do estudo e expedição dos negócios referentes à agricultura, à indústria e comércio, à política de terras, imigração e colonização, à viação e, por fim, às obras públicas. Além das diretorias recém-criadas ampliaram-se as atribuições da diretoria geral, que passou também a supervisionar os diversos serviços a cargo das demais diretorias, bem como todos os procedimentos administrativos e de pessoal da pasta (4).
Em 1927, atendendo às demandas dos setores agrícola e industriaI, a Secretaria da Agricultura foi desmembrada, dando origem a Secretaria da Viação e Obras Públicas e a Secretaria da Agricultura, Indústria e Comércio. A primeira ficou encarregada dos serviços relativos à viação, transporte, obras públicas, energia elétrica, telefone, correio e telégrafo, bem como do abastecimento de água, esgoto, gás e iluminação da capital. À segunda couberam os serviços relativos à agricultura, pecuária, indústria, comércio, pesca, minas, terras devolutas, imigração e colonização, além dos trabalhos geográficos, geológicos e meteorológicos do Estado. Ficaram subordinados à Secretaria da Agricultura o Instituto Agronômico, a Escola Agrícola “Luiz de Queiroz”, o Instituto de Veterinária, a Comissão de Debelação da Praga do Café, o Serviço Meteorológico, o Serviço Florestal, o Departamento Estadual do Trabalho, o Patronato Agrícola e a Comissão Geográfica e Geológica do Estado (5).
Em 1946, a Secretaria dos Negócios da Agricultura, Indústria e Comércio recebeu a denominação de Secretaria da Agricultura, sendo suprimidas da pasta os negócios relativos à indústria e ao comércio, que foram transferidos para a Secretaria do Trabalho, Indústria e Comércio (6). Entre 1943 e 1967, a Secretaria da Agricultura voltou-se totalmente para o setor primário, promovendo atividades de pesquisa e fomento da produção agrícola, contribuindo para o desenvolvimento da lavoura algodoeira. Nesse período, para coordenar o processo de mecanização da produção agrícola no Estado, criou-se o Departamento de Engenharia e Mecânica, que em parceria com os Institutos Agronômico e Biológico, estabeleceu avanços nas áreas de produção agronômica, indústria animal, defesa sanitária e ensino agrícola (7).
Com o objetivo de aderir à reforma administrativa de 1968, a pasta foi novamente reorganizada em 1978, resultando na criação das coordenadorias de pesquisa e assistência técnica e no remanejamento e extinção de alguns órgãos da Agricultura, como os Departamentos de Produção Vegetal e de Engenharia e Mecânica (8). No ano seguinte a Secretaria teve seu campo funcional ampliado e sua denominação alterada para Secretaria da Agricultura e Abastecimento (9). Em 1987 foi criada a Secretaria do Abastecimento, que teve curta duração, pois acompanhou a reorganização dos serviços da administração direta e indireta do Estado, acabando extinta em 1988 e tendo suas atribuições reincorporadas à pasta da Agricultura (10). Com essa remodelação, ficaram vinculadas à Secretaria da Agricultura a Companhia de Entrepostos e Armazéns Gerais do Estado (CEAGESP) e a Companhia de Desenvolvimento Agrícola de São Paulo (CODASP), enquanto o Departamento de Regularização Fundiária foi transferido para a Secretaria da Justiça.
Em 1998, a Secretaria da Agricultura e Abastecimento foi restruturada e a CEAGESP remanejada para o Ministério da Agricultura (11). Foram conservadas na Secretaria as seguintes competências: a execução da política estadual nas áreas de agricultura e abastecimento, prestando assistência técnica e desenvolvendo pesquisas para promover o desenvolvimento sustentável do meio rural; a fiscalização da qualidade dos produtos agropecuários; a fiscalização dos insumos agropecuários e a classificação dos produtos agrícolas, suprindo o setor de sementes, mudas e outros insumos; e a promoção do cooperativismo e do associativismo rural, atuando diretamente na comercialização e na industrialização dos produtos agrícolas e nos programas de escoamento desses produtos (12).

(1) Decreto nº 28, de 1 de março de 1892.
(2) MARTINS, Zoraide. Agricultura Paulista: uma história maior que cem anos. São Paulo: Secretaria de Agricultura e Abastecimento, 1991.
(3) CINTRA, Luís Carlos. “A evolução da estrutura administrativa da Secretaria da Agricultura: 1889-1930”. In: Cadernos Fundap, ano 5, nº 9, maio de 1985.
(4) Decreto nº 1.459, de 10 de abril de 1907.
(5) Lei nº 2.196, de 3 de setembro de 1927.
(6) Decreto-Lei nº 16.440, de 6 de dezembro de 1946; e Decreto-Lei nº 16.401, de 3 de dezembro de 1946.
(7) MARTINS, Zoraide. Agricultura Paulista: uma história maior que cem anos. São Paulo: Secretaria de Agricultura e Abastecimento, 1991.
(8) Decreto nº 11.138, de 3 de fevereiro de 1978.
(9) Decreto nº 14.034, de 1 de outubro de 1979.
(10) Decreto nº 26.908, de 15 de março de 1987, e Decreto nº 29.355, de 14 de dezembro de 1988.
(11) Decreto Federal nº 2.512, de 9 de março de 1998.
(12) Decreto nº 43.142, de 2 de junho de 1998.