O arquivo da Secretaria de Governo da Capitania é composto por documentos produzidos pelas autoridades do reino, da colônia e da capitania, além de particulares solicitando perdão, auxílio e mercês. É formado por instruções do Conselho Ultramarino, avisos, bandos, cartas régias, requerimentos de sesmarias, certidões, leis, decretos, despachos, ordens, petições, portarias, provisões, regimentos, ofícios, cartas e devassas, além de livros de registro e cartulários, produzidos para controle da correspondência enviada e recebida, e para o assentamento de mercês e privilégios. Os assuntos tratados são bem diversificados, todos no âmbito da administração da capitania. Tratam, entre outros, da catequese dos índios, do monopólio de comércio, do tráfico de escravos, da exploração do sertão, da fundação de vilas, da arrecadação de tributos, da fuga de escravos, de campanhas militares, da concessão de mercês, de crimes e motins, do combate à pirataria e da construção de estradas, hospitais e igrejas. Conservado como um fundo inativo dentro do arquivo da Secretaria, o arquivo dos capitães generais manteve íntegra a essência da sua lógica e foi, depois de tratado, certificado como patrimônio documental brasileiro pelo Programa Memória do Mundo da UNESCO (1).
O documento mais antigo do fundo corresponde a uma lei impressa de Felipe II, de 1603, sobre o regimento dos quadrilheiros em todo o Reino e o mais recente é de 1852, data de encerramento de um livro de registro de termos de compromisso, aberto na Secretaria de Governo em 1773 e usado até meados do século XIX. Apesar das transformações políticas e do desuso de muitos documentos acumulados pelos capitães generais, alguns livros continuaram ativos durante o Império. É o caso do livro de registro de instruções para funcionários e repartições públicas, empregado de 1820 a 1847. O espaço de tempo entre a abertura e o encerramento destes e de outros livros indica que as atividades da Secretaria não foram interrompidas, a despeito da ruptura com Portugal, garantindo a preservação dos documentos que davam suporte ao governo provincial.

(1) Portaria do Ministério da Cultura nº 102 de 13 de outubro de 2015, publicada no Diário Oficial da União – Seção 1, em 14 de outubro de 2015.