Com a extinção da Secretaria de Governo, em 1892, o Governo do Estado criou a Secretaria da Justiça, ao lado de outras três Secretarias: da Fazenda, do Interior e da Agricultura, Comércio e Obras Públicas (1). De início, a Secretaria da Justiça incorporou as funções da 5ª seção da Secretaria de Governo, ficando responsável pelas atividades ligadas à organização judiciária, administração da justiça, cumprimento de sentenças, petições de graça, relações consulares, registros civis e segurança pública (2). Até delinear um conjunto de atividades específicas, a Secretaria da Justiça geriu um campo relativamente amplo de atribuições, que passou por diversas mudanças ao longo do tempo.
A primeira grande restruturação da Secretaria se deu em 1901, quando a pasta foi extinta e seus serviços transferidos para a Secretaria do Interior, que passou a denominar-se Secretaria de Estado dos Negócios do Interior e da Justiça. No bojo da Secretaria foram implantadas duas diretorias: uma, para responder pelos serviços referentes aos negócios eleitorais e demais atribuições da Secretaria do Interior; e outra, denominada Diretoria da Justiça, que preservou os serviços relacionados à administração judiciária, naturalização de estrangeiros, anistia e comutação de penas (3). As atividades policiais ficaram à cargo da Repartição Central de Polícia, dirigida por um Chefe de Polícia, subordinado ao Secretário do Interior e da Justiça (4). Quatro anos depois, essa composição desapareceu e a Secretaria da Justiça readquiriu suas competências originais (5).
No ano seguinte, em 1906, a Secretaria da Justiça foi transformada em Secretaria de Estado dos Negócios da Justiça e Segurança Pública, com atribuições e recursos ampliados. A nova Secretaria ficou responsável por dirigir e superintender o serviço policial do Estado e reorganizar a administração da justiça (6). Em 1934, a Secretaria da Justiça e Segurança Pública foi desdobrada em duas secretarias autônomas: uma responsável exclusivamente pela Segurança Pública; outra pela Justiça (7). No ano seguinte, a Secretaria da Justiça foi novamente reformada, incorporando os serviços da extinta Secretaria do Interior. Além desses serviços, ficaram subordinados à Secretaria da Justiça o Departamento de Administração Municipal, o Departamento Estadual do Trabalho, a Procuradoria de Terras e a Imprensa Oficial (8).
De 1966 em diante, quando foi restabelecida a Secretaria de Estado dos Negócios do Interior (9), os campos de atuação da Secretaria da Justiça concentraram-se nas atividades de assistência jurídica à administração pública, fiscalização do comércio e dos cartórios, subvenção a entidades autárquicas com fins científicos e didáticos referentes à promoção da justiça, e na reeducação e ressocialização dos apenados. Além dessas atribuições, a Secretaria da Justiça continuou processando os serviços administrativos dos seus órgãos subordinados, como a Procuradoria Geral do Estado, o Ministério Público, a Junta Comercial, o Instituto de Medicina Social e de Criminologia e o Conselho Penitenciário do Estado (10).
Mais recentemente, após a aprovação da Constituição de 1988 e com a importância dos temas ligados à defesa da cidadania, proteção do consumidor e preservação da dignidade humana, a Secretaria da Justiça teve sua denominação alterada para Secretaria da Justiça e da Defesa da Cidadania (11). Atualmente ela coordena a aplicação de medidas socioeducativas; a prestação de serviços de orientação, proteção e defesa da pessoa; além do acesso à justiça e à promoção da cidadania, zelando pelos programas de enfrentamento do tráfico de pessoas, apoio às vítimas de violência e proteção a testemunhas. Por fim, cabe à Secretaria da Justiça resguardar as relações institucionais com o Poder Judiciário, o Ministério Público, a Defensoria Pública e as entidades ligadas à defesa dos direitos humanos (12).

(1) Decreto nº 28, de 1 de março de 1892, que organiza as Secretarias do Interior, da Justiça e da Agricultura, Comércio e Obras Públicas, criadas pela Lei nº 15 de 11 de novembro de 1891.
(2) Decreto nº 381-A, de 1 de setembro de 1896.
(3) Lei nº 778, de 28 de junho de 1901.
(4) Decreto nº 493, de 14 de setembro de 1901.
(5) Lei nº 174, de 20 de dezembro de 1905.
(6) Lei nº 1.006, de 17 de setembro de 1906.
(7) Decreto nº 6.885, de 29 de dezembro de 1934.
(8) Decreto nº 7.078, de 6 de abril de 1935.
(9) Lei nº 9.326, de 13 de maio de 1966.
(10) Decreto nº 28.253, de 14 de março de 1988.
(11) Decreto nº 33.133, de 15 de janeiro de 1991.
(12) Decreto nº 59.101, de 18 de abril de 2013.