Com a proclamação da República e a descentralização administrativa e financeira dos entes federativos, o Estado de São Paulo reorganizou o Tesouro Provincial e criou uma Secretaria da Fazenda para dirigir, controlar e fiscalizar a receita e despesa do Estado. Ficaram subordinados ao secretário da Fazenda, a Secretaria, o Tesouro e as estações arrecadadoras. O secretário da Fazenda era responsável por dirigir e fiscalizar todos os negócios dos Tesouro; subscrever os atos do governador relativos à sua pasta; mandar cumprir as determinações concernentes à despesa pública; apresentar o balanço de receita e despesa do Estado; propor medidas referentes às finanças do Estado; e resolver todas as questões relativas ao gracioso ou contencioso, além das questões de ordem interna da sua repartição (1).
O Tesouro do Estado era o órgão fazendário por excelência, exercendo as atribuições de arrecadação, guarda e dispêndio do dinheiro público para pagamento das despesas do Estado. O processo de lançamento e cobrança dos tributos estaduais era feito por intermédio das estações arrecadadoras, enquanto o trabalho administrativo, propriamente dito, era executado pela Secretaria da Fazenda. Cabia à ela todo o expediente e correspondência do secretário, bem como dos títulos, diplomas, leis, decretos e regulamentos que precisavam ser referendados pelo secretário.
A partir de 1900, criou-se um Gabinete para auxiliar o secretário nos atos oficiais; uma Junta da Fazenda responsável pela emissão de apólices da dívida pública, estampilhas de selo e o sorteio das apólices para resgate; e uma Inspetoria Geral do Tesouro, encarregada de dirigir e inspecionar as atividades do Tesouro e das estações arrecadadoras. Além disso, foi criada uma Procuradoria Fiscal para cuidar da assessoria jurídica da Secretaria (2). No ano de 1916, a Junta da Fazenda foi suprimida e suas atribuições, transferidas para o secretário da Fazenda (3). Em 1917, entre outras mudanças, a Secretaria passou a denominar-se Secretaria de Estado dos Negócios da Fazenda e do Tesouro, designação mantida até 1935, quando então passou a ser chamada de Secretaria de Estado dos Negócios da Fazenda (4).
Entre 1892 e 1930, a Secretaria da Fazenda passou por diversas reorganizações e mudanças no seu quadro administrativo, voltadas sobretudo para a política de proteção dos preços do café (5). Nesse período, além dos órgãos de arrecadação e fiscalização da Fazenda, foram acrescentados à sua estrutura órgãos de planejamento, coordenação e controle da atividade econômica e social do Estado, tais como o Cofre dos Órfãos, o Banco de Crédito Hipotecário e Agrícola do Estado, o Montepio dos Magistrados, a Caixa Beneficente dos Funcionários Púbicos do Estado, a Bolsa Oficial do Café, a Câmara Sindical dos Corretores de Café, a Caixa de Liquidação, os Bancos de Crédito Popular, as Caixas Econômicas do Estado, o Monte do Socorro do Estado, o Instituto Paulista de Defesa Permanente do Café e o Banco do Estado de São Paulo (BANESPA) (6).
No ano de 1935, o Governo do Estado coordenou uma ampla reforma administrativa, depois de um estudo apresentado pelo Instituto de Organização Racional do Trabalho (IDORT) (7). A Secretaria da Fazenda foi a primeira a ser remodelada, sendo dividida em seis departamentos: um administrativo e cinco técnicos. Pela reforma, ficaram subordinados diretamente ao secretário: o Gabinete, a Secção de Estudos Econômicos e Financeiros, a Diretoria Geral do Tesouro, a Contadoria Central do Estado, a Procuradoria Fiscal da Fazenda e o Tribunal de Impostos e Taxas (8). Houve também o desmembramento da Procuradoria da Fazenda em Procuradoria Judicial e Fiscal (9). No ano seguinte, foi criada a Contadoria Central do Estado, incumbida de organizar, uniformizar e centralizar os serviços de contabilidade da Fazenda (10). Nesse mesmo ano, foi autorizada a construção do seu atual edifício, localizado na avenida Rangel Pestana.
O crescimento das atividades administrativas e financeiras do Estado tornou evidente a necessidade de centralização dos serviços da Fazenda em um único prédio, para solucionar o problema de dispersão do órgão em várias unidades. A obra foi iniciada em 1940, e os trabalhos concluídos somente na década de 1970. Em 1967, foi criado um novo Grupo Executivo de Reforma Administrativa (GERA), para regulamentar as responsabilidades político administrativas nas áreas tributária e financeira (11). Nesse mesmo ano, as áreas de arrecadação e fiscalização foram reestruturadas em Coordenação da Administração Tributária (CAT) e Coordenação da Administração Financeira (CAF). Em 1991, foi criada a Coordenadoria de Crédito e Patrimônio para gerenciar a dívida pública e, em 1996, a Coordenadoria Estadual de Controle Interno para acompanhar a execução orçamentária e os gastos públicos.
A atual estrutura da Secretaria da Fazenda mantém praticamente as mesmas atribuições concebidas em 1892, tendo como objetivo a política e a administração tributária e financeira do Estado. Fazem parte do seu campo funcional o controle interno do Poder Executivo, a gestão de compras e serviços da administração estadual, a execução orçamentária, a administração previdenciária e o fomento econômico do Estado. Estas áreas são coordenadas pelo Gabinete do Secretário, por meio do Conselho de Defesa dos Capitais do Estado – CODEC, do Conselho Estadual de Defesa do Contribuinte – CODECON, da Coordenadoria da Administração Tributária – CAT, da Coordenadoria da Administração Financeira – CAF, da Coordenadoria de Compras Eletrônicas e de Entidades Descentralizadas – CCE, da Coordenadoria de Tecnologia e Gestão Estratégica – CTG, e da Coordenadoria Geral de Administração – CGA (12).

(1) Decreto nº 29, de 1 de março de 1892, que organiza a Secretaria da Fazenda e reorganiza o Tesouro do Estado.
(2) Regulamento da Secretaria da Fazenda e Tesouro do Estado. Decreto nº 831, de 10 de outubro de 1900. São Paulo: Tipografia do Diário Oficial, 1900; Decreto nº 1.692, de 9 de janeiro de 1909, que reorganiza e dá regulamento à Secretaria da Fazenda e Tesouro do Estado de São Paulo. São Paulo: Tipografia do Diário Oficial, 1909.
(3) Lei nº 1.524, de 27 de dezembro de 1916.
(4) Decreto nº 2.761, de 31 de janeiro de 1917.
(5) LEFEVRE, Eugênio. A Administração do Estado de São Paulo na República Velha. São Paulo: Tip. Cupollo, 1937.
(6) ELIAS, Ibrahim João e NOZOE, Nelson Hideki. Secretaria do Estado dos Negócios da Fazenda do Estado de São Paulo: Evolução Histórico-Funcional. São Paulo: Imprensa Oficial, 1979, p.42-45.
(7) IDORT. Reorganização Administrativa do Governo do Estado de São Paulo – Relatório Preliminar. Volume I. São Paulo: Imprensa Oficial, 1935.
(8) Decreto nº 7.333, de 5 de julho de 1935.
(9) Decreto nº 7.331, de 5 de julho de 1935.
(10) Decreto nº 7.539, de 31 de janeiro de 1936.
(11) Decreto nº 48.206, de 20 de julho de 1967.
(12) Decreto nº 60.812, de 30 de setembro de 2014.