Atendendo ao disposto na Constituição do Estado de São Paulo, promulgada em 1891, foram criadas quatro novas Secretarias de Estado, incluindo a Secretaria do Interior (1). Essa nova Secretaria teve sua atuação estruturada em três seções, cabendo à primeira a organização política do estado, as eleições, as relações com o congresso federal e estadual, os municípios e os secretários, além de estabelecer os limites territoriais do estado e cuidar da manutenção do Palácio de Governo. A segunda seção tinha a seu cargo os negócios com os Ministérios da Marinha e da Guerra, os serviços sanitário e de saúde pública, além da organização orçamentária do Estado e dos serviços administrativos e financeiros da pasta. A terceira seção, por sua vez, respondia pela Instrução Pública, o Diário Oficial e a Repartição de Estatística e Arquivo do Estado (2).
Seu primeiro secretário foi o deputado constituinte Vicente de Carvalho, membro da Academia Paulista de Letras e, mais tarde, Ministro do Tribunal de Justiça. Preocupado com as epidemias de varíola e febre amarela que ameaçavam o estado, deu prioridade à saúde pública. Em sua gestão foi criado o Instituto Vacinogênico e organizado o serviço de saneamento do estado, contando com estudos do engenheiro e urbanista Teodoro Sampaio. O Secretário cuidou também da reforma do ensino e da organização dos municípios, além de conceber a Repartição de Estatística e Arquivo do Estado para produzir dados estatísticos, guardar os documentos findos das novas Secretarias e reunir parte do acervo histórico do Estado, incumbindo-se da sua preservação, transcrição e publicação (3).
Em virtude da expansão dos serviços públicos, a Secretaria do Interior foi reformada em 1896 e reorganizada em 1901, quando incorporou os serviços da Secretaria da Justiça, passando a chamar-se Secretaria de Estado dos Negócios do Interior e da Justiça (4). Três anos depois, em seu relatório ao Presidente do Estado, o Secretário José Cardoso de Almeida criticou a sobrecarga de trabalho depositada sobre a Secretaria do Interior e da Justiça, alegando que a anexação das duas pastas não trouxe vantagens de qualquer espécie, e ainda complicou o mecanismo de expedição e publicação de despachos, além de acarretar uma duplicidade de expedientes dentro da Secretaria (5). Assim, em 1905, a Secretaria do Interior reconquistou sua autonomia e a Secretaria da Justiça tornou-se Secretaria da Justiça e Segurança Pública, reforçando sua competência na manutenção da ordem no estado (6). Nos anos subsequentes, as diretorias do serviço sanitário e da instrução pública cresceram consideravelmente, aumentando o trabalho administrativo da Secretaria do Interior que, segundo o Secretário Alarico Silveira, mantinha a mesma estrutura de 1892 (7).
Em 1931, atendendo às iniciativas reformistas do governo Getúlio Vargas, a Secretaria do Interior é extinta e criada a Secretaria da Educação e Saúde, para cuidar da difusão do ensino e da saúde pública no estado. Todas as outras atribuições da pasta ficaram a cargo da Secretaria de Estado dos Negócios da Justiça (8). Em 1935 parte das atribuições da Secretaria do Interior, transferidas para o Departamento de Administração Municipal, são incorporadas à Secretaria da Justiça, que passa a se chamar Secretaria da Justiça e Negócios do Interior (9). Em 1966 ambas Secretarias são novamente desmembradas (10). Dez anos depois, em 1976, a Secretaria dos Negócios do Interior é reorganizada para prestar assistência aos municípios, incrementar o desenvolvimento das cidades e, por meio das entidades a ela vinculadas, promover estudos e pesquisas visando ao progresso econômico e social do interior paulista. Coube ainda à Secretaria do Interior promover a implantação dos sistemas de repetição e transmissão de televisão e de telecomunicação do estado, mediante outorga do governo federal (11). Em 1988, em decorrência da reestruturação ocorrida no Estado, a Secretaria do Interior foi definitivamente extinta e seus serviços transferidos para a Secretaria de Governo (12).

(1) Lei nº 15, de 11 de novembro de 1891.
(2) Decreto nº 28, de 1 de março de 1892.
(3) Relatório apresentado ao Senhor Doutor Vice Presidente do estado de São Paulo pelo Secretário dos Negócios do Interior, Vicente de Carvalho, a 7 de abril de 1892. São Paulo: Tip. a vapor Vanorden & C., 1892.
(4) Lei nº 778, de 28 de junho de 1901.
(5) Relatório apresentado ao Presidente do Estado de São Paulo pelo Secretário dos Negócios do Interior e da Justiça, José Cardoso de Almeida, em 31 de dezembro de 1904. São Paulo: Tipografia do Diário Oficial, 1905, p.2-3.
(6) Lei nº 974, de 20 de dezembro de 1905.
(7) Relatório apresentado ao Exmo. Sr. Dr. Washington Luis Pereira de Souza, Presidente do Estado pelo Secretário do Interior Alarico Silveira. Ano 1922. São Paulo: Tipografia do Diário Oficial, 1923, p.5-6.
(8) Decreto nº 4.917, de 3 de março de 1931.
(9) Decreto nº 7.078, de 6 de abril de 1935.
(10) Lei nº 9.326, de 13 de maio de 1966, e Decreto nº 46.418, de 16 de junho de 1966.
(11) Decreto nº 8.873, de 25 de outubro de 1976.
(12) Decreto nº 29.355, de 14 de dezembro de 1988.