A preocupação com a defesa ocupava capítulos inteiros dos regimentos passados aos capitães-generais, em razão dos constantes conflitos com potências estrangeiras, que obrigaram a Coroa a adotar políticas de defesa interna e externa nos seus domínios
... »ultramarinos. As responsabilidades dos capitães-generais iam desde vistoriar fortalezas e inventariar as peças de artilharia, até organizar e supervisionar as milícias, realizando exercícios militares periodicamente. Embora contasse para sua defesa com tropas de linha profissionais, o principal núcleo armado da capitania era formado por tropas auxiliares, organizadas em companhias de milícias e comandadas por oficiais sem formação militar.
Os postos de coronel e tenente-coronel das milícias eram providos pelos capitães-generais, enviados ao Conselho Ultramarino e confirmados por uma mercê régia. Estes postos eram ocupados por pessoas de prestígio e com recursos para manter as companhias. Não sem motivo, a maioria dos coronéis de milícias eram grandes negociantes e contratadores estabelecidos na capitania. As milícias e as tropas de linha desempenhavam um papel importante na administração, dando apoio à execução de dívidas, prisão de devedores e arrecadação de impostos. Os militares eram utilizados para diligências de toda ordem, participando ativamente das questões fazendárias, reprimindo o contrabando e controlando os principais portos da capitania. Responsáveis por administrar a Praça de Santos, os militares acabaram produzindo mapas e listas de diversos tipos, contabilizando mercadorias importadas e exportadas, controlando a entrada e saída de embarcações, e o desembarque de escravos e passageiros. A preocupação com o despovoamento do Reino e a circulação de estrangeiros nas terras da Coroa tornou obrigatória aos viajantes a apresentação de passaportes, emitidos pela metrópole e pelos capitães-generais.
O treinamento especializado, sobretudo em engenharia, fez com que vários oficiais fossem aproveitados na colônia para cartografar territórios, preparar expedições, recolher informações populacionais e planejar a execução das obras públicas, como a abertura de estradas, construção de pontes, reparo de igrejas, reforma de fortalezas e estabelecimento de hospitais. Outra atividade desempenhada pelos militares foi a dos correios, essencial para ligar os espaços longínquos da capitania, fazendo chegar a toda parte as ordens dos poderes instituídos. Neste grupo estão reunidos livros de registro, ofícios, cartas, requerimentos, relatórios, planos, inventários, atestados, listas das companhias e mapas gerais de diversos tipos, produzidos por militares no desempenho de suas funções. Como não podia deixar de ser, é grande o número de ofícios informando sobre cumprimento de ordens, pagamento de soldos, punições por deserção, questões de disciplina, manutenção das tropas, recrutamento, compra de suprimentos, concessão de patentes e outros assuntos de âmbito estritamente militar. «
