Em 1930, o novo cenário político apresentado pela revolução forçou a reestruturação das Secretarias de Estado e a extinção da Secretaria do Interior. Surge então a Secretaria da Educação e Saúde Pública, órgão responsável pela gestão e fiscalização da educação pública e particular em todos os níveis, bem como dos assuntos ligados à saúde e aos serviços sanitários no estado de São Paulo(1). Sua estrutura inicial era composta por uma Diretoria Geral, responsável pela gestão de todos os serviços administrativos da pasta, e dois grandes departamentos técnicos: o Departamento da Educação e o Departamento da Saúde Pública.
Entre os anos de 1931 e 1932, esta organização tornou-se mais complexa, integrando em seu quadro órgãos com atributos próprios, como a Repartição de Estatística e Arquivo do Estado, o Museu Paulista, a Pinacoteca do Estado e a Imprensa Oficial (2). Além disso, outros serviços subordinados ao Departamento da Educação vincularam-se diretamente ao Secretário, tais como o Almoxarifado do Ensino, o Departamento de Educação Física e a Universidade de São Paulo (USP), posteriormente transferida à alçada do governo do Estado, em 1944(3). Igualmente ficaram subordinados ao Secretário alguns serviços do Departamento da Saúde Pública, como a Seção de Oficinas e Transportes; o Serviço de Assistência Hospitalar e os serviços de Profilaxia da Lepra e de Assistência a Psicopatas (4). Nesse período também foram criados o Departamento Estadual da Criança, responsável pela coordenação de todos os serviços relacionados à assistência e proteção da maternidade, infância e adolescência; e o Departamento de Artes, cujo principal encargo era a coordenação, promoção e orientação das atividades artísticas no estado de São Paulo (5).
Em 1947 os serviços relativos à saúde foram retirados da Secretaria da Educação, dando origem a Secretaria da Saúde Pública e Assistência Social (6). A partir dessa separação, a Secretaria da Educação passou a reter como atividades específicas da pasta apenas os serviços relacionados à educação escolar básica, secundária, técnica e superior. Posteriormente, seriam desanexadas de sua administração o Departamento de Educação Física, que passou à alçada da Secretaria de Governo, bem como o Departamento de Arquivo do Estado e todos os serviços e funções de caráter histórico e cultural, que por sua vez foram transferidos para a recém-criada Secretaria de Cultura, Esportes e Turismo, em 1967(7).
Em 1976 a Secretaria da Educação passou por uma intensa reforma, adquirindo uma estrutura voltada para o aperfeiçoamento das suas áreas administrativas e pedagógicas. A administração passou a compreender vários departamentos, dentre eles a Coordenadoria de Ensino da Região Metropolitana da Grande São Paulo e a Coordenadoria de Ensino do Interior, ambas responsáveis por garantir a execução das normas, diretrizes e atividades de ensino nos diferentes níveis educacionais; e a Comissão Estadual de Moral e Civismo, que tinha como principal atribuição assessorar o Secretário da Educação nos assuntos relacionados à formação cívica da população, segundo critérios adotados pelos governos federal e estadual. A administração veio a contar também com a Companhia de Construções Escolares do Estado de São Paulo (CONESP), que tinha a função de gerir e fiscalizar as construções e reformas de prédios escolares; e o Conselho Estadual de Educação, cuja responsabilidade abrangia a proposição de normas para a organização, funcionamento e fiscalização do Sistema Estadual de Ensino (8).
Em 2011 a Secretaria passou por uma nova reforma, assumindo a sua estrutura vigente (9). Atualmente a Secretaria da Educação permanece responsável pela gestão e controle das normas, atividades e processos educacionais relacionados ao ensino fundamental e médio do estado, realizando suas atribuições por meio de diversos departamentos especializados, dentre eles o Comitê de Políticas Educacionais e o Conselho Estadual de Educação, que colaboram na definição das políticas, estratégias e metas relativas ao ensino; a Coordenadoria de Gestão da Educação Básica; a Coordenadoria de Informação, Monitoramento e Avaliação Educacional, incumbida da coleta de informações educacionais através do monitoramento de estatísticas e indicadores de gestão educacional; a Coordenadoria de Infraestrutura de Serviços Escolares e as Diretorias de Ensino.

(1) Decreto 4.917, de 03 de março de 1931.
(2) Decreto 5.243, de 27 de outubro de 1931.
(3) Decreto 6.108, de 04 de outubro de 1933; Decreto 6.440, de 16 de maio de 1934; Decreto-Lei 13.855, de 29 de fevereiro de 1944.
(4) Decreto-Lei 12.150, de 02 de setembro de 1941.
(5) Decreto-Lei 14.221, de 10 de outubro de 1944; Decreto-Lei 17.104, de 12 de março de 1947.
(6) Decreto-Lei 17.339, de 28 de junho de 1947.
(7) Lei 2.749, de 29 de setembro de 1954; Decreto 49.165, de 29 de dezembro de 1967.
(8) Lei 906, de 18 de dezembro de 1975; Lei 7.940, de 07 de junho de 1963; Decreto 42.412, de 28 de agosto de 1963 e Decreto 7.510, de 29 de janeiro de 1975.
(9) Decreto 57.141, de 18 de julho de 2011.